"Στο κάτω όροφο του σπηλαίου βρέθηκαν απολιθωμένα οστά ανθρώπου και διαφόρων ζώων, μεταξύ των οποίων και ιπποπόταμου!"
Η εύρεση στο σπήλαιο το 1965, από τον καθηγητή της Παλαιοντολογίας, I. Μελέντη, απολιθωμένων οστών ελάφου και ιπποποτάμου, προκάλεσε εκτός των άλλων και απορίες σχετικά με το κλίμα και την πανίδα της περιοχής.
Ο I. Μελέντης πίστευε ότι το σπήλαιο είχε χρησιμοποιηθεί ως καταφύγιο των ιπποποτάμων κατά τη διάρκεια ξηρών περιόδων και ότι τα πόδια αυτών των ζώων είχαν προσαρμοστεί σε χερσαία διαβίωση. Τα οστά χρονολογήθηκαν στο Μέσο Πλειστόκαινο (500.000-200.000 χρόνια πριν από σήμερα) και φυλάσσονται στο Παλαιοντολογικό Μουσείο του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Σύμφωνα με μια εκδοχή, τα απολιθωμένα αυτά οστά παρασύρθηκαν από τα νερά που κατέβαιναν από το εσωτερικό και αποτέθηκαν κοντά στην είσοδο του σπηλαίου. Δεν αποκλείεται βέβαια και η αντίθετη άποψη, δηλαδή τα οστά να προήλθαν από το εξωτερικό και να βρέθηκαν στο σπήλαιο μαζί με τις προσχώσεις του πλησιέστερου ρέματος, του οποίου η στάθμη θα ήταν ψηλότερα, ή και να μεταφέρθηκαν εκεί από αρπακτικά. Πάντως το κλίμα θα πρέπει να ήταν σχετικά υγρό στην περιοχή, για να δικαιολογηθεί η παρουσία ιπποποτάμων.
Εκτός από τα παραπάνω, βρέθηκαν στο σπήλαιο των Λιμνών και άλλα οστά, το μεγαλύτερο μέρος των οποίων ανήκει σε ζώα που είχαν καταναλωθεί ή σταβλισθεί εκεί, συμβιώνοντας με τον άνθρωπο κατά τη Νεολιθική και την εποχή του Χαλκού. Στο σπήλαιο απαντώνται κυρίως οστά από πρόβατα και αίγες, ενώ ακολουθούν οι χοίροι και λιγότερο τα βοοειδή. Από τη λεγόμενη άγρια πανίδα, ταυτίστηκαν το ελάφι και ο λαγός, από τα πτηνά κυρίως τα αρπακτικά. Γενικά το σπήλαιο των Λιμνών πρέπει να θεωρηθεί ως χώρος εγκατάστασης του ανθρώπου και στάβλος οικόσιτων ζώων, ενώ στο γύρω από το σπήλαιο ευρύτερο ορεινό περιβάλλον, διαβιούσαν λύκοι, αλεπούδες, ελάφια μεταξύ των οποίων η ευγενής έλαφος η πλατύκερως, καθώς και αρκούδες.